STAR安装与使用 |
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STAR安装与使用
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首先，先回顾一下STAR的使用流程：  安装最新版本的STAR可以使用conda conda install -c bioconda star conda install -c bioconda/label/cf201901 star但是当我使用最新版本的STAR跑之前版本STAR建立的index时，遇到这样的报错：  因此，我需要重新安装旧版本的STAR.下载网址：https://github.com/alexdobin/STAR/releases/tag/STAR_2.4.2a wget https://github.com/alexdobin/STAR/releases/tag/STAR_2.4.2a tar -xzf STAR_2.4.2a.tar.gz cd STAR_2.4.2a # Build STAR cd source make STARSTAR 建立indexSTAR --runThreadN 6 --runMode genomeGenerate \ --genomeDir ~/reference/index/STAR/mm10/ \ --genomeFastaFiles ~/reference/genome/mm10/GRCm38.p5.genome.fa \ --sjdbGTFfile ~/annotation/mm10/gencode.vM13.annotation.gtf \ --sjdbOverhang 100--runThreadN ：线程数 --genomeDir ：index输出的路径 --genomeFastaFiles ：参考基因组 --sjdbGTFfile ：参考基因组注释文件 --sjdbOverhang ：这个是reads长度的最大值减1，默认是100 STAR比对STAR --runThreadN 20 --genomeDir ~/reference/index/STAR/mm10/ \ --readFilesIn test_1.fastq test_2.fastq \ --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \ --outFileNamePrefix ./test--readFilesIn ：paired reads文件 --outSAMtype ：表示输出默认排序的bam文件 --outFileNamePrefix ：前缀 参考：https://www.pellegrini.mcdb.ucla.edu/pellegrini/pellegrinilabscps/SCP_RNAseq_STAR.pdf https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/288/ |
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